Désormais séparée de Benoît Cassagne, Ninon Chaumette vit une histoire d'amour avec Yvan Bilquis, alias Yvan Zavgaev, un immigré tchétchène au passé trouble. Yvan a fait un mariage blanc avec Patricia, la sœur du juge Estève, pour pouvoir s'installer en France. En fait, il est venu pour lutter contre Michelle Bonny, la directrice d'un réseau illégal d'adoption, qui est mêlée à la disparition de sa fille pendant la guerre de Tchétchénie. La situation d'Yvan se complique quand il se retrouve mêlé à une enquête criminelle à cause de son épouse Patricia, qui a commis un homicide (elle devra finalement partir en cavale). Grâce à l'aide de Ninon, Yvan découvre que son enfant n'est autre que Lara, la fille adoptive de Michelle Bonny. Michelle est finalement emprisonnée, tandis qu'Yvan quitte la France en compagnie de Lara.
	Sonia, la petite amie de Maxime Robin, sympathise avec Pablo Stella, un militant extrême-gauchiste. Lorsque Pablo se tue en faisant exploser une bombe artisanale, Sonia, qui lui avait fourni une bouteille de gaz, est emprisonnée pour complicité à un acte terroriste. Pour libérer Sonia, Maxime intègre le CLASH, groupe révolutionnaire dont Pablo aurait fait partie : en échange des services de Maxime, le CLASH s'engage à publier un communiqué pour revendiquer l'explosion et innocenter Sonia. Maxime découvrira tardivement que le CLASH n'est qu'un leurre imaginé par Anne Longeron, la compagne de Pablo, pour se venger de ceux qu'elle juge responsables de son décès. Manipulé par Anne, Maxime sombre dans la criminalité, au point de tenter de tuer Vincent Chaumette. Il obtient la libération de Sonia, mais doit partir en cavale pour échapper à la police, avec l'aide d'Agathe.
Soupçonné d'être un violeur en série, Benoît Cassagne est envoyé en prison. Il subit les brimades de son compagnon de cellule, Cédric Morel, jusqu'au jour où il se révolte contre Cédric et lui casse un bras. Cédric va alors se venger avec l'aide de Jipé Martineau, un détenu sur le point de sortir de prison. Ainsi, une fois libéré, Jipé s'installe au domicile des Cassagne et oblige Raphaël et Sybille à lui rendre certains services (notamment, vendre de la drogue pour son compte), en menaçant de faire assassiner leur père s'ils refusent de lui obéir. Finalement, Raphaël sera amené à tuer Jipé, en état de légitime défense. Quant à Benoît, il sera libéré lorsque Eddy Jouhaud, le véritable violeur, sera arrêté.
	Guillaume Leserman se met en couple avec le commandant de police Marie Bergman. Alors que Marie enquête sur la mort d'Angelo Amaya, un Gitan qui a été retrouvé poignardé, Guillaume découvre certains secrets la concernant. Il apprend ainsi que Marie est elle-même une Gitane, qu'elle s'appelle en réalité Maria Florès et qu'elle a changé de nom après s'être brouillée avec sa famille. C'est en fait Marie qui a tué Angelo, alors que ce dernier essayait de la violer. Pour éviter la prison à Marie, sa mère, Stela Florès, s'accuse du meurtre d'Angelo, avant de mourir d'un cancer. Marie avoue ensuite sa culpabilité à Guillaume, mais elle lui demande de garder pour lui ce secret. Guillaume accepte, mais le couple rompt peu après et Marie quitte le Mistral.
Franck Ruiz avoue à Blanche sa double vie : depuis qu'il a quitté le gang des M13, il travaille pour les services secrets, qui en échange lui ont évité la prison pour le meurtre de Pierre Garcia. Ainsi, lors de ses séjours réguliers à l'étranger, Franck travaille en fait comme tueur professionnel sous les ordres d'Elvire Vaillant, un agent de la DGSE qui se fait passer pour wedding-planner, pour qui il abat des terroristes et autres grands criminels. Lors de sa dernière mission pour les services secrets, Franck comprend qu'il est manipulé par Elvire, qui veut commettre des attentats en France pour que l'État renforce la lutte anti-terroriste. À cause d'elle, Yanis Khodja, le petit ami de Samia, va être accusé à tort de terrorisme, avant d'être tué. Franck choisit alors d'abattre Elvire, pour l'empêcher de tuer d'autres innocents. Blanche décide ensuite de rompre avec Franck, qui quitte Marseille, alors qu'ils étaient sur le point de se marier.

	Céline Frémont découvre que son frère jumeau Julien, qu'elle croyait mort noyé à l'âge de dix ans, est en fait bien vivant. Peu avant sa disparition, Julien avait accidentellement tué le fils de Carlo Manzoni, un mafieux ; pour protéger Julien des représailles de Manzoni, Charles Frémont l'a fait passer pour mort et l'a fait interner, sous une fausse identité, dans la clinique psychiatrique de son ami, le docteur Louvain. Céline obtient que Julien sorte de la clinique, mais c'est sans compter la vengeance de Stéphane, le dernier héritier des Manzoni. Ainsi, Stéphane parvient à gagner la confiance du fragile Julien et le manipule, pour qu'il tue Céline. Le plan fonctionne, jusqu'à ce que Julien décide d'épargner Céline. Une fois Stéphane emprisonné, Julien, qui peine à s'adapter à la vie en société, décide de retourner en clinique.
Vincent Chaumette se passionne pour l'histoire d'Hervé Germain, un homme qui a été tué 24 ans auparavant et dont le cadavre vient d'être retrouvé. Se reconnaissant en cet homme ambitieux et sans scrupule, Vincent décide de retrouver son meurtrier, bien que ce crime soit désormais prescrit par la justice. Vincent apprend qu'Hervé a eu un fils avec Corinne Metzger, la sœur de Roland Marci. Hervé a quitté Corinne alors qu'elle était enceinte pour épouser la riche Anémone Vitreuil, par pur intérêt financier. Lors d'une violente dispute, Roland a ensuite accidentellement blessé Hervé d'un coup de couteau ; Corinne et Anémone l'ont achevé, avant de laisser Roland cacher le cadavre. Or, Corinne va à son tour mourir poignardée ; les empreintes de Vincent sont retrouvées sur l'arme du crime. Léo Castelli découvrira que Corinne a été tuée par Louise Bordier, une femme qui avait un compte à régler avec Vincent et voulait le faire passer pour un meurtrier.
	Au Brésil, Luna et son mari Vadim ont un grave accident de voiture. Luna est hospitalisée, avant d'être déclarée cliniquement morte. C'est là qu'intervient le père Denilson, gourou d'une secte qui prétend ressusciter les morts. Ainsi, il va « ressusciter » Luna, sous les yeux ébahis de Vadim. En réalité, Denilson est un escroc qui met en scène de fausses morts et de fausses résurrections (avec la complicité du personnel hospitalier) pour attirer davantage de fidèles vers sa secte. Vadim tombe dans le piège et accepte de faire des dons exorbitants à la secte de Denilson. Luna revient alors au Mistral pour échapper à la secte, mais Denilson va la suivre pour lui extorquer la fortune qu'elle partage avec Vadim. Bientôt, Luna remarque que depuis son accident, elle peut voir à l'avance certains évènements, comme le meurtre de Vadim. Luna parviendra à faire tomber Denilson, mais elle ne pourra éviter la mort de Vadim, qui venait de faire des découvertes compromettantes pour la secte.

SAISON 7 (2010-2011)

Florian Estève enquête sur la mort de Clément Lefure, un jeune comptable homosexuel. Peu avant sa mort, Clément avait été victime d'une machination : Djawad Sangha avait pris des photos le montrant au lit avec une femme, Asia Dathiard (qui avait en fait été payée pour droguer Clément et pour simuler un rapport sexuel avec lui sur les photos). Romain Blanchard, le petit ami de Clément, va trouver le réconfort, puis l'amour, en la personne de Thomas Marci. Il s'avère que l'homme à l'origine des photos avec Asia n'est autre que Sébastien, l'oncle homophobe de Romain : Sébastien avait utilisé ces photos pour convaincre Romain de quitter Clément, mais il ne pensait pas que le premier irait jusqu'à tuer le second. Romain finit par enlever Thomas, dont il est fou amoureux, avant de blesser gravement Florian quand celui-ci intervient. Florian meurt, après l'arrestation de Romain.
	Myriam Holst, une amie de Blanche Marci, est soupçonnée d'avoir tué Gérard Carlan, l'homme qu'elle venait d'épouser. L'autre principal suspect est Rosy, l'ex-femme de Gérard, qui avait très mal vécu leur divorce. Céline Frémont accepte d'être l'avocate de Myriam, dont le dossier est difficilement défendable : avant d'épouser Gérard, Myriam était déjà veuve, son premier mari étant lui aussi mort dans des circonstances peu claires. En réalité, Myriam a pour complice son amant, Blaise Richard, qui a tué ses maris successifs pour qu'elle reçoive leur héritage. Ayant appris que Céline est bisexuelle, Myriam veut la séduire avant que Blaise ne la tue, pour obtenir sa fortune. Myriam va toutefois tomber amoureuse de Céline et décide de l'épargner. Blaise ne l'entend pas de cette oreille et tue Myriam, avant d'être arrêté.
Victoire Lissajoux devient la maîtresse d'un homme marié, Sacha Malkavian. Rebecca, l'épouse séropositive de Sacha, est une ancienne amie de Luna, qui l'a entraînée dans la drogue pendant son adolescence. Considérant Luna responsable de son état de santé, Rebecca cherche à se venger d'elle et s'en prend en même temps à Victoire, avec l'aide de son ancien dealer, Lestournier. Ce dernier met en œuvre un plan machiavélique pour que Victoire s'endette au jeu et se prostitue, avant de la faire accuser du meurtre de Léonard Mara, le grand-père paternel de Rudy. Lestournier devenant incontrôlable, Rebecca est obligée de le tuer, au moment où elle allait contaminer Luna avec une seringue infectée par le VIH. La vérité éclate mais Rebecca, affaiblie par la maladie, est laissée en liberté conditionnelle. Elle meurt quelques mois plus tard.
	Après un séjour aux États-Unis, Johanna Marci revient au Mistral en compagnie de Gaspard Espira, un homme qu'elle a épousé sur un coup de tête à Las Vegas. Quand Gaspard se retrouve, après la mort de son père, à la tête de l'entreprise familiale, Vincent Chaumette le convainc de faire des affaires avec lui, non sans arrières-pensées. Par la suite, Johanna apprend qu'elle est enceinte, mais elle décide d'avorter lorsqu'elle découvre que Gaspard la trompe avec sa mère, Blanche. Pour se venger, Johanna fait en sorte que Gaspard soit injustement emprisonné, en faisant un faux témoignage à son sujet dans le cadre d'une enquête de police. Pendant que Gaspard est en prison, Vincent essaye de prendre le contrôle de son entreprise, en vain. Johanna revient ensuite sur son témoignage et Gaspard est libéré. Il quitte Marseille, seul et laissant Blanche et Johanna en froid.
Charles-Henri Picmal s'évade de prison. Il a promis 100 000 € à Norbert Figuere, l'homme qui l'a aidé à s'évader. Picmal a autrefois caché cette somme dans une chambre de l'hôtel Select. Pour venir incognito au Select et récupérer l'argent, Norbert et Picmal profitent d'une fête de quartier très animée qui a lieu au Mistral. Au beau milieu de la confusion générale, Picmal se fait tuer. Tandis que la police recherche le coupable, Norbert et son complice Vivien continuent de chercher l'argent, en vain. Vivien noue alors une relation ambiguë avec Céline Frémont, qui prend de grands risques pour le protéger quand la police s'intéresse à lui. Finalement, Vivien aide Léo Castelli à arrêter le vrai coupable : Norbert, qui a tué accidentellement Picmal. Vivien ne peut cependant éviter la prison, étant trop impliqué dans cette affaire.
	Ève Tressere, jeune esthéticienne et fille de l'ancienne propriétaire, ouvre un salon de beauté sur la place du Mistral. La jeune femme est hantée par un cauchemar récurrent : elle se voit dans une chambre d'enfant, terrorisée face une ombre menaçante. Ève va bientôt être victime des manigances de Charles Frémont, qui veut racheter l'immeuble et doit donc récupérer son salon. Il s'est associé à Vitreuil à travers la création d'une SCI, et a investi tout son argent ! Ainsi, pour faire pression sur Ève, Frémont essaye de pourrir sa réputation, allant jusqu'à la faire accuser de cannibalisme. Convaincu de l'innocence d'Ève, Léo Castelli réussira malgré les embûches à démasquer Frémont. Celui-ci parvient toutefois à éviter la prison en chargeant son complice, Jérôme Narcier, mais Frémont est entièrement ruiné. Ève pense alors que Frémont est l'origine de ses cauchemars, mais elle découvre ensuite que l'ombre qu'elle voit dans son rêve est en fait Nadia, une baby-sitter qui la maltraitait durant son enfance.
Vincent Chaumette fait des affaires avec Frédéric Casteil, le directeur de l'entreprise MédiaGaz. Casteil veut exploiter le gaz de schiste dans la région et Phénicie est choisie pour faire les travaux de forage. Gaël, un géologue opposé à ce projet, vient alerter Vincent au sujet des risques écologiques que cela représente. Or, Gaël va avoir un accident de moto avec Fabien Rinato, le demi-frère de Mélanie. Gaël meurt et Fabien, qui conduisait, est plongé dans le coma, avant de se réveiller sans aucun souvenir de l'accident. Tenu a priori pour responsable de la mort de Gaël, Fabien pense qu'il s'agit en fait d'un assassinat commandité par Casteil. Son enquête lui permettra effectivement de découvrir qu'Anaïs, une collaboratrice de Casteil, les avait forcés lui et Gaël à boire de l'alcool, pour qu'ils aient un accident de moto.